あのシバトラが三度参上！少年犯罪に勇敢に立ち向かう竹虎（小池徹平）が、今回も爆破事件の真相を掴むため、容疑者の青年とともに逃走！チーム・シバトラ を襲う大きな悲劇とは！？

“シバトラ”こと柴田竹虎（小池徹平）は、横浜みなみ署生活安全課少年係の刑事。誰より も純粋で正義感が強い竹虎は、検挙率こそ低かったが、犯罪に関わってしまった少年少女たちは必ず更正できると信じ、体当たりで少年犯罪に立ち向かってい た。
ある日、竹虎は、『鬼神事件』の首謀者として逮捕され、少年刑務所に収容されている女子高生・宝生美月（大後寿々花）の面会に行く。美月 は、１週間後に仮出所する予定だ。同じころ、古着屋『サバスサバス』では、藤木小次郎（藤木直人）と白豚（塚地武雅）が、早くも美月を出迎える準備をして いた。小次郎たちにとっても、美月は家族同然の存在なのだ。そんな折、特徴ある構造を持った時限式爆弾を使用した爆破事件が起き、多数の死傷者が出る。神 奈川県警捜査一課課長の岩崎（加藤雅也）は、横浜みなみ署生活安全課少年係係長の千葉さくら（真矢みき）とタッグを組み、同署内に特別捜査本部を設置す る。竹虎も、県警捜査一課の生え抜き、桐野弥生警部補（加藤あい）とコンビを組み、事件の捜査にあたった。ほどなく、使用された爆弾のタイプから五十嵐幻 人（溝端淳平）という受刑者が容疑者として捜査線上に浮かび上がる。五十嵐は、５年前に大学病院を爆破して死傷者を出した罪で少年刑務所に入っていた。し かし五十嵐は、今回の事件は何者かが自分をはめようとしたものだと主張し、その証拠を見せると言い出す。